Политика усташа према Јеврејима у Независној Држави Хрватској потпуно је слиједила њемачку „расну политику“ и њемачко рјешавање „јеврејског питања“. Прва фаза била је екскомуникација, друга концентрација, а трећа екстерминација.

Законским актима донесеним 30. априла 1941. године започела је прва фаза – искључивање јеврејског становништва из јавног живота и његово економско уништавање. Према узору на Трећи рајх, донесени су расни закони чија је основа била „Zakonska odredba o rasnoj pripadnosti“. Овај закон прописивао је које су особе „аријевског“, а које „неаријевског“ поријекла. Основано је и „Расно политичко повјеренство“ које је требало да утврђује расну припадност и одлучује о случајевима у којима је могло бити недоумица. Истог дана је донесена и „Zakonska odredba o zaštiti arijske krvi i časti hrvatskog naroda“, којом је забрањено склапање бракова Јевреја и других „неаријеваца“ са особама „аријског“ поријекла. „Zakonska odredba o državljanstvu“ прописала је да „неаријевци“ нису држављани Независне Државе Хрватске те самим тим немају заштиту државе. Четвртог јуна донесена је и „Zakonska odredba o zaštiti narodne i arijske kulture hrvatskog naroda“, којом се Јеврејима забранило било какво учествовање у јавном, културном и спортском животу. Уз све наведено, Јеврејима је забрањено и посјећивање кафана, кина, паркова и слично. Ограничено им је право на слободно кретање. Мјера којом су се Јевреји хтјели колективно понизити и дехуманизовати било је увођење ознака које су морали носити при сваком изласку изван куће.

Додјељивање знакова пратило је и пописивање Јевреја, чиме се стварала основа за другу фазу њиховог уништења – концентрацију. Депортовани су у прве логоре-то су били „сабирни логори“. Након краћег задржавања у сабирним логорима, депортовани су у прве логоре смрти на територији Госпића. Преживјели Јевреји из логора на територији Госпића, заједно са преживјелим Србима из тог логора, били су први логораши Концентрационог логора Јасеновац у августу 1941. године. Наредних мјесеци у Концентрациони логор Јасеновац долазе бројни транспорти Јевреја из свих крајева Независне Државе Хрватске.

Јевреји у Концентрационом логору Јасеновац потпуно су дијелили судбину српских логораша. Били су присиљени да граде бараке првих јасеновачких логора , да граде насипе који су штитили логоре од поплаве и остале физички тешке радове. При раду су добијали батине, а они изнемогли су на лицу мјеста убијени. Поред исцрпљујућег, физичког рада, стање логораша додатно су погоршавали глад, жеђ и разне болести.

Жене и дјеца су депортовани у логоре у Лобор, Горња Ријека и Ђаково. У љето 1942. године логор Ђаково је ликвидиран, а око 3.000 жена и дјеце одведено је у Концентрациони логор Јасеновац и убијено.

У августу 1942. године усташке власти хапсе око 5.000 Јевреја и транспортују их, у договору с властима Трећег Рајха, у логоре смрти у Источној Европи. Наредна депортација спроведена је у априлу и мају 1943. године када је у њемачке логоре смрти депортовано између 1.500 и 2.000 људи. Око 4.500 Јевреја спас је покушало наћи бијегом на територију Независне државе Хрватске која је била под контролом Италије. Њемачке власти и власти Независне државе Хрватске захтјевале су од италијанске војне команде да им се испоруче Јевреји. али захтјев је одбијен. Под сталним притиском Рајха италијанске власти су крајем 1942. године донијеле одлуку да Јевреје из њихове утицајне зоне затворе у логоре на обали Јадранског мора. У прољеће 1943. године сви Јевреји су одведени у логор Кампор на острво Раб. Након капитулације Италије у логор Кампор су долшли партизани. Велики број Јевреја се придружио партизанским јединицама док су остали пребачени на ослобођену територију.

У Концентационом логору Јасеновац мањи број јеврејских логораша дочекао је ликвидацију логора у априлу 1945. године. Пробој посљедње групе јасеновачких логораша и усташко повлачење из Јасеновца успјело је да преживи 39 Јевреја од укупно 169 преживјелих логораша. У Холокаусту у Независној држави Хрватској убијено је око 80 % чланова пријератне јеврејске заједнице на територији коју је обухватала Хрватска и Босна и Херцеговина.