Ликвидације у логору, било појединачне, било масовне, дешавале су се свакодневно. Појединачна убиства често су се догађала у кругу самог логора. Логораши су били убијани због кривог погледа, због тога што су се нашли на погрешном мјесту у погрешно вријеме. Разлог за убиство логораша често је било и лоше расположење усташа. До краја 1941. године, масовне ликвидације логораша вршене су у близини самог логора, на једној пољани која се налазила уз саму цесту, према селу Кошутарица. У почетку су ликвидације вршене најчешће стријељањем, а касније сјекиром, маљем или ножем. Када се логор проширио и на десну обале ријеке Саве, ликвидације су пренесене на ово подручје.

Злочине су усташе вршиле: ножевима, камама, сјекирама, брадвама, чекићима, дрвеним маљевима, гвозденим шипкама, мотикама, кочевима, каишима, вјешањем, спаљивањем, гажењем ногама, дављењем, изгладњивањем, излагањем жеђи, излагањем високим и ниским температурама, излагањем тешким физичким радовима.

У једном периоду логора, као стратиште тј. мјесто гдје су кремирани остаци жртава служила је зграда циглане. Логораши су овај крематоријум назвали Пићилијева пећ, по њеном творцу, Доминику Хинку Пићилију (Piccili), прератном грађевинском инжењеру, који је почетком 1942. године постао заповједник радне службе логора. Усташе су тада у самом објекту циглане, у комори која се користи за смјештај и печење сирове цигле, озидале пећ, са намјером да се ту рјешавају тијела убијених логораша. Убијање и спаљивање вршило се углавном ноћу. Период када је ова пећ била у употреби је март–април 1942. године. Пећ је срушена, јер због малог капацитета усташе нису могле да се ријеше тијела великог броја убијених.

У прољеће 1942. године, сјевероисточни дио логора ограђен је бодљикавом жицом и тако физички одвојен од остатка логора. Први затворени били су Роми, који су у великом броју доведени у Јасеновац, а послије њих Срби са Козаре. Крајем новембра 1942. године у том простору остало је око 160 људи. Заповједник тог „логора“, Ивица Матковић, наредио је да им се ускрати храна. На улаз је поставио таблу на којој је писало „Пјегавац“. Након неколико дана слаби и немоћни су умрли. Неколико седмица касније у животу је остало још око четрдесетак логораша, који су, избезумљени од глади, јели месо оних који су умрли. Агонија ових људи завршена је почетком јануара 1943. године, када су пребачени скелом преко ријеке Саве у Градину. Ту су били затворени у једну сеоску кућу, данас познату као Вукића кућа. Врата и прозори били су заковани дебелим даскама. Истога дана, око 4 часа поподне, предвођени бившим домобранским официром Радивојем Муњином, логораши су провалили из куће и напали усташе. Борба је трајала око пет минута. Сви су убијени. Логор III C је након тога расформиран, а његов простор преоран.

Једно од мјеста на ком су вршене ликвидације била је платформа која се издизала над ријеком Савом. Ту су се ријечни бродови и шлепови утоварали и истоварали на пристаништу, на којем је била уграђена дизалица. Ова платформа, названа Граник, крајем 1944. и почетком 1945. године усташама је служила и као мјесто убијања. Усташе би жртву у току ноћи скинули до гола, а потом би јој руке свезали на леђима. На Гранику би жртву најчешће привезали за неки тежи предмет, па је затим ударили тврдим предметом у главу или заклали ножем. Жртва би пала равно у Саву.