У односу према српском становништву власти Независне Државе Хрватске користиле су другачију методу. Током читаве 1942. године проводили су потпуно „чишћење села“. Становништво би депортовали у логор, куће пљачкали и палили. Најчешће су ова опустошена села укључена у систем јасеновачких логора. Ту су формиране економије логора, у којима је одређен број логораша радио сезонски на пољопривредним радовима. Доласком зиме они су постали непотребни, па су били убијени. Крајем маја 1942. године и сво српско становништво Босанске и Хрватске Дубице на овај начин депортовано је у логор. Умјесто Срба, у ова два градића колонизовани су Хрвати, најчешће из Херцеговине, као и муслимани из оближњег села Орахове.

У овим акцијама усташа нису поштеђени ни они Срби који су у току 1941. године прекрштени у римокатоличанство. Највећа голгота српског становништва десила се у љето 1942. године. Десетог јуна 1942. године започела је операција „Западна Босна“. Око 30.000 хиљада њемачких и усташко-домобранских војника покренуло је офанзиву на планину Козару, гдје се налазило око 3.500 војника 2. крајишког НОП одреда. Српско становништво поткозарских села спас је покушало наћи на овој планини. Након што су њемачко-хрватске снаге успјеле затворити обруч око Козаре, у њему се нашло преко 80.000 цивила. Иако је 17. јула проглашен завршетак операција, њемачко-хрватске јединице спроводе „чишћење“ терена Поткозарја, све до друге половине августа. Посљедице по српско становништво овог краја биле су несагледиве. Преко 68.500 становника депортовано је у јасеновачке логоре. Спровођење у логор пратило је свакодневно убијање цивила.

Мушкарци су одвојени од својих породица. Старији су одмах одведени у Доњу Градину и ту убијени, док су млађи одведени у Логор III – Циглана. По доласку у логор нове групе мушкараца, они из претходне групе били би одведени у Градину и убијени. Дио мушкараца одведен је у логор Сајмиште у Земуну. Радноспособни су из Земуна одведени у логоре Трећег рајха, док су они други у суровим условима возом транспортовани назад за Јасеновац. Данима су боравили у пренатрпаним сточним вагонима без хране и воде. Дана 28. августа 1942. године композиција са 5.000 до 6.000 људи, затворених у 79 сточних вагона, ушла је у логор Циглану. Око половине људи умрла је приликом транспорта. Они преживјели пребачени су преко Саве у Градину и убијени.

Са подручја Козаре, у логоре је одведено око 23.800 дјеце до 14 година старости. Преко 10.000 дјеце доспјело је у Логор V – Стара Градишка, 5.650 у села Млака и Јабланац, која су служила као јасеновачке економије, 1.300 у логор Циглану, око 1.300 у логор Сајмиште, док је остатак био у разним привременим логорима на ширем логорском подручју.

У Логору Стара Градишка дјеца су насилно одвајана од мајки, које су биле или убијене или одведене као радна снага у Трећи рајх. Та дјеца су боравила на отвореном, све док није у једној згради, ограђеној бодљикавом жицом, основан дјечји логор. У собама без намјештаја дјеца су лежала на поду. Без икакве његе и помоћи, она су у великом броју умирала. Као да усташама није било довољно што су дјеца умирала од глади и болести, па су их и они убијали. Један дио дјеце угушен је отровним плином. Процјењује се да је, од око 10.000 дјеце која су прошла кроз логор у Старој Градишци, спашено 3.000–3.500. Спашавање су извели активисти хрватског Црвеног крста у склопу акције Диане Будисављевић.